細菌の系譜（系統分類）
細菌の系譜
真核生物の系譜
細菌の分類: 資料 Systema Naturae 2000
細菌（真正細菌） (Domain Bacteria (Eubacteria))
?(Caldisericum)
?(Ktedonobacter)
ゲマティモナス門 (Gemmatimonadetes)
ゲマティモナス科 (Gemmatimonadaceae)
ゲマティモナス (Gemmatimonas)
デイノコックス・テルムス門 (Deinococcus-Thermus)
デイノコックス目 (Deinococcales)
デイノコックス科 (Deinococcaceae)
デイノコックス (Deinococcus)
デイノバクター (Deinobacter)
(Trueperaceae)
(Truepera)
テルムス目 (Thermales)
テルムス科 (Thermaceae)
テルムス (Thermus) 生育最適温度 75度
(Marinithermus)
メイオテルムス (Meiothermus)
(Oceanithermus)
(Vulcanithermus)
テルモトガ門 (Thermotogae)
ペトロトガ科 (Petrotogaceae)
コスモトガ (Kosmotoga)
マリニトガ (Marinitoga)
テルモシフォ (Thermosipho)
フェルヴィドバクテリウム (Fervidobacterium)
ゲオトガ (Geotoga)
ペトロトガ (Petrotoga)
テルモトーガ (Thermotoga) 生育最適温度 80度C
テルモデスルフォバクテリア門 (Thermodesulfobacteria)
テルモデスルフォバクテリア科 (Thermodesulfobacteriaceae)
(Caldimicrobium)
(Thermodesulfatator)
テルモデスルフォバクテリア (Thermodesulfobacterium)
クリシオゲネス門 (Chrysiogenetes)
クリシオゲネス科 (Chrysiogenaceae)
クリシオゲネス (Chrysiogenes)
ニトロスピラ門 (Nitrospira/Nitrospirae)
ニトロスピラ科 (Nitrospiraceae)
ニトロスピラ (Nitrospira)
デフェリバクター門 (Deferribacteres)
(Caldithrix)
デフェリバクター科 (Deferribacteraceae)
(Calditerrivibrio)
デフェリバクター (Deferribacter)
(Denitrovibrio)
(Flexistipes)
(Geovibrio)
(Mucispirillum)
レプトスピリルム (Leptospirillum)
マグネトバクテリウム (Magnetobacterium)
(Themodesulfobvibrio)
****
(Synergistetes)
(Synergistales)
(Synergistaceae)
(Aminobacterium)
(Aminomonas)
(Anaerobaculum)
(Cloacibacillus)
(Dethiosulfovibrio)
(Jonquetella)
(Pyramidobacter)
(Synergistes)
(Thermovirga)
(Thermanaerovibrio)
****
フソバクテリウム門 (Fusobacteria)
フソバクテリウム目 (Fuzobacteriales)
フソバクテリウム科 (Fusobacteriaceae)
(Cetobacterium)
フソバクテリウム (Fusobacterium)
(Ilyobacter)
(Propionigenium)
(Psychrilyobacter)
(Leptotrichiaceae)
(Leptotrichia)
(Sebaldella)
(Sneathia)
(Streptobacillus)
(Tenericutes)
(Mollicutes)
(Acholeplasmatales)
(Acholeplasmataceae)
(Acholeplasma)
(Anaeroplasmatales)
(Anaeroplasmataceae)
(Anaeroplasma)
(Asterolplasma)
(Entomoplasmatales)
(Entomoplasmataceae)
(Entomoplasma)
(Mesoplasma)
(Spiroplasmataceae)
(Spiroplasma)
(Haloplasmatales)
(Haloplasmataceae)
(Haloplasma)
マイコプラズマ目 (Mycoplasmatales)
(Eperythrozoon)
(Haemobartonella)
(Ureaplasma)
マイコプラズマ (Mycoplasma)
****
発酵菌門 (Firmicutes) 未完
(Clostridia)
(Clostridiales)
(Thermoanaerobacteriales)
(Haloanaerobiales)
エリシペロソリックス綱 (Erysipelotrichi)
?エリシペロソリックス科 (Erysipelotrichaceae)
(Bulleidia)
エリシペロソリックス (Erysipelothrix)
(Holdemania)
(Solobacterium)
バチルス綱 (Bacilli)
バチルス目 (Bacillales)
バチルス科 (Bacillaceae)
バチルス (Bacillus) 枯草菌，炭疸菌
(Planococcaceae)
(Caryophanaceae)
(Listeriaceae)
(Staphylococcaceae)
(Sporolactobacillaceae)
(Paenibacillaceae)
(Alicyclobacillacea)
(Thermoactinomycetaceae)
(Lactobacillales)
?(Acetoanaerobium)
?(Symbiomacterium)
(Aerococcaceae)
(Carnobacteriaceae)
(Enterococcaceae)
(Lactobacillaceae)
(Leuconostocaceae)
(Streptococcaceae)
****
放線菌門（高G+C）(Actinobacteria high G+C) 細菌の分類系統 未完
(Acidimicrobidae)
(Acidimicrobiales)
(Rubrobacteridae)
(Rubrobacterales)
(Solirubrobacterales)
(Thermolephilales)
(Coriobacteridae)
(Coriobacteriales)
(Actinobacteridae)
(Actinomycetales)
(Bifidobacteriales)
(Nitriliruptorales)
フィブロバクター門 (Fibrobacteres)
フィブロバクター科 (Fibrobacteraceae)
フィブロバクター (Fibrobacter)
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緑色非硫黄細菌門 (Chloroflexi) Green non-sulfer bacteria
アナエロリネア綱 (Anaerolineae)
アナエロリネア綱 (Anaerolineaceae)
アナエロリネア (Anaerolinea)
ベリリネア (Bellilinea)
レプトリネア (Leptolinea)
レヴィリネア (Levilinea)
ロンギリネア (Longilinea)
カルディリネア綱 (Caldilineae)
カルディリネア科 (Caldilineaceae)
カルディリネア (Caldilinea)
クロロフレクサス綱 (Chloroflexi)
クロロフレクサス目 (Chloroflexales)
クロロフレクサス科 (Chloroflexaceae)
クロロフレクサス (Chloroflexus)
クロロネマ (Chloronema)
(Roseiflexus)
ヘリオトリックス (Heliothrix)
オシロクロリス科 (Oscillochloris)
オシロクロリス (Oscillochloris)
ヘルペトシフォン目 (Herpetosiphonales)
ヘルペトシフォン科 (Herpetosiphonaceae)
ヘルペトシフォン (Herpetosiphon)
デハロコッコイデス綱 (Dehalococcoidetes)
デハロココイデス (Dehalococcoides)
デハロゲニモナス (Dehalogenimonas)
テルモミクロビウム綱 (Thermomicrobia)
スフェロバクター目 (Sphaerobacterales)
スフェロバクター科 (Sphaerobacteraceae)
スフェロバクター (Sphaerobacter)
テルモミクロビウム目 (Thermomicrobiales)
テルモミクロビウム科 (Thermomicrobiaceae)
テルモニクロビウム (Thermomicrobium)
シアノバクテリア（藍色細菌）門 (Cyanobacteria) 未完
?リケリア (Richelia) こけし形 ツツガタケイソウ(Rhizosolenia)に共生
クロオコックス目 (Chroococcales)
(Chamaesiphon)
クロオコックス (Chroococcus)
(Cyanobacterium)
(Cyanothece)
(Dactylococcopsis)
(Gloeobacter)
(Gloeocapsa)
(Gloeothece)
アオコ (Microcystis)
(Prochlorococcus)
(Synechococcus)
(Synechocytis)
プロクロロン目 (Prochlorales) クロロフィルa,bを持つ
プロクロロン (Prochloron) ホヤの細胞間隙に共生
アカリオクロリス (Acaryochloris) ホヤに共生 クロロフィルd 740nm近赤外線光で酸素発生型光合成
プロクロロトリックス (Prochlorothrix)
プロクロロコッカス (Prochlorococcus)
プレウロカプサ目 (Pleurocapsales)
Subgroup I
(Cyanocystis)
(Dermocarpella)
(Stanieria)
(Xenococcus)
Subgroup II
(Chroococcidiopsis)
(Myxosarcina)
プレウロカプサ (Pleurocapsa)
ユレモ目 (Oscillatoriales)
(Arthrospira)
(Borzia)
(Crinalium)
(Geitlerinema)
(Leptolyngbya)
(Limnothrix)
(Lyngbya)
(Microcoleus)
ユレモ (Oscillatoria)
(Planktothrix)
(Prochlorothrix)
(Pseudanabaena)
スピルリナ (Spirulina) 健康食品
(Starria)
(Symploca)
トリコデスミウム (Trichodesmium)
(Tychonema)
ネンジュモ目 (Nostocales)
Subgroup I
(Anabaena)
(Anabaenopsis)
(Aphanizomenon)
(Cyanospira)
(Cylindrospermopsis)
(Cylindrospermum)
(Nodularia)
ネンジュモ (Nostoc) 地衣類構成藻類
スキトネマ (Scytonema)
Subgroup II
ヒゲモ科 (Rivulariaceae)
(Calothrix )
ヒゲモ (Rivularia)
(Tolypothrix)
スティゴネマ目 (Stigonematales)
(Chlrogloeopsis)
(Fischerella)
(Geitleria)
(Iyengariella)
(Nostochopsis)
スティゴネマ (Stigonema) 地衣類構成藻類
スピロヘータ門 (Spirochaetes)
スピロヘータ目 (Spirochaetales)
?(Exikispira)
スピロヘータ科 (Spirochaetaceae)
スピロヘータ (Spirochaeta)
(Borrelia)
(Brevinema)
(Clevelandina)
(Cristispira)
(Diplocalyx)
(Hollandina)
(Pillotina)
トレポネマ (Treponema) 梅毒トレポネラ(T. pallidum)等
ブラキスピラ科 (Brachyspiraceae)
ブラキスピラ (Brachyspira)
セルプリナ科 (Serpulinaceae)
セルプリナ (Serpulina)
レプトスビラ科 (Leptospiraceae)
レプトネマ (Leptonema)
レプトスビラ (Leptospira)
(Turneriella)
****
****
プラクトミセス門 (Planctomycetes)
プラクトミセス科 (Planctomycetaceae)
プラクトミセス (Planctomyces)
(Gemmata)
(Isosphaera)
(Pirellula)
(Rhodopirellula)
(Schlesneria)
(Shingulisphaera)
(Zavarzinella)
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ヴェルコミクロビア門 (Verrucomicrobia)
ヴェルコミクロビア綱 (Verrucomicrobiae)
ヴェルコミクロビア目 (Verrucomicrobiales)
(Rubrialea)
ヴェルコミクロビア科 (Verrucomicrobiaceae)
(Akkermansia)
(Holoferula)
(Lutrolibacter)
(Persicirhabdus)
(Prosthecobacter)
(Roseibacillus)
ヴェルコミクロビア (Verrucomicrobium)
(Opitutae)
(Opitutales)
(Opitutus)
(Puniceicoccaceae)
(Cerasicoccus)
(Coraliomargarita)
(Pelagicoccus)
(Puniceicoccus)
ディクティオグロムス門 (Dictyoglomi)
ディクティオグロムス科 (Dictyoglomaceae)
ディクティオグロムス (Dictyoglomus)
クラミディア門 (Chlamydiae)
クラミディア科 (Chlamydiaceae)
クラミディア (Chlamydia) トラコーマクラミディア(C. trachomatis)等
(Chlamydophila)
パラクラミディア科 (Parachlamydiaceae)
(Neochlamydia)
パラクラミディア (Parachlamydia)
シムカニア科 (Simkaniaceae)
シムカニア (Simkania)
ワドリア科 (Waddliaceae)
ワドリア (Waddlia)
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緑色硫黄細菌門 (Chlorobi) Green sulfer bacteria 光合成
クロロビウム科 (Chlorobiaceae)
クロロビウム (Chlorobium)
(Ancalochloris)
(Chlorobaculum)
(Chloroherpeton)
(Pelodictyon)
(Prosthecochloris)
バクテロイデス門 (Bacteroidetes) 未完
バクテロイデス綱 (Bacteroides)
バクテロイデス科 (Bacteroidaceae)
バクテロイデス (Bacteroides)
(Acetofilamentum)
(Acetomicrobium)
(Acetothermus)
(Anaerorhabdus)
(Megamonas)
リケネラ科 (Rikenellaceae)
リケネラ (Rikenella)
(Marinilabilia)
(Porphyromonadaceae)
(Pomphyromonas)
(Prevotellaceae)
(Prevotella)
フラボバクテリウム綱 (Flavobacteria)
フラボバクテリウム科 (Flavobacteriaceae)
フラボバクテリウム (Flavobacterium)
(Bergeyella)
(Capnocytophaga)
(Cellulophaga)
(Chryseobacterium)
(Coenonia)
(Empedobacter)
(Gelidibacter)
(Ornithobacterium)
(Polaribacter)
(Psychroflexus)
(Psychroserpens)
(Riemerella)
(Weeksella)
ミロイデス科 (Myroidaceae)
ミロイデス (Myroides)
(Psychromonas)
(Blattabacteriacea)
(Blattabacterium)
スフィンゴバクテリア綱 (Sphingobacteria)
スフィンゴバクテリア科 (Sphingobacteriaceae)
スフィンゴバクテリア (Sphingobacterium)
(Pedobacter)
(Saprospiraceae)
(Saprospira)
(Haliscomenobacter)
(Lewinella)
(Flexibacteriacea)
(Flexibacter)
(Cyclobacterium)
(Cytophaga)
(Flectobacillus)
(Hymenobacter)
(Meniscus)
(Microscilla)
(Runella)
(Spirosoma)
(Sporocytophaga)
(Flammeovirgaceae)
(Flammeovirga)
(Flexithrix)
(Persicobacter)
(Thermonema)
(Crenotrichaceae)
(Crenothrix)
(Chitinophaga)
(Rhodothermus)
(Toxothrix)
（広義）プロテオバクテリア門 (Proteobacteria) 紅色細菌 未完
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アクイフェックス門 (Aquificae)
(Thermosulfidibacter)
アクイフェックス科 (Aquificaceae)
アクイフェックス (Aquifex) 生育最適温度 85度C
(Calderobacterium)
(Hydrogenivirga)
(Hydrogenobacter)
(Thermocrinis)
(Hydrogenothermaceae)
(Hydrogenothermus)
(Persephonella)
(Sulfurihydrogenibium)
(Venenivibrio)
(Epsilonproteobacteria)
(Campylobacterales)
(Campylobacteraceae)
(Arcobacter)
(Campylobacter)
(Sulfurospirillum)
(Thiovulum)
ヘリコバクター科 (Helicobacteraceae)
ヘリコバクター (Helicobacter)
(Wolinella)
(Nautiliales)
(Nautiliaceae)
(Nautilia)
...
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デフェリバクター門 (Deferribacteres)
(Caldithrix)
デフェリバクター科 (Deferribacteraceae)
(Calditerrivibrio)
デフェリバクター (Deferribacter)
(Denitrovibrio)
(Flexistipes)
(Geovibrio)
(Mucispirillum)
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アシドバクテリウム門 (Acidobacteria)
アシドバクテリウム綱 (Acidobacteria)
アシドバクテリウム科 (Acidobacteriaceae)
アシドバクテリウム (Acidobacterium)
ホロファガ綱 (Holophagae)
(Acanthopleuribacteraceae)
(Acanthopleuribacter)
ホロファガ目 (Holophagales)
(Geothrix)
(Holophaga)
(Deltaproteobacteria)
(Desulfurellales)
(Desulfovibrionales)
(Desulfovibrio) [NiFe]ヒドロゲナーゼ
(Desulfobacterales)
(Desulfuromonadales)
(Syntrophobacterales)
(Bdellovibrionales)
(Myxococcales)
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αプロテオバクテリア綱 (alpha-Proteobacteria) 従属栄養海洋細菌
リケッチア目 (Rickettaiales)
リケッチア科 (Rickettsiaceae)
リケッチア (Rickettsia)
(Orientia)
(Wolbachia)
(Ehrlichiaceae)
(Ehrlichia)
(Aegyptianella)
(Anaplasma)
(Cowdria)
(Neorickettsia)
(Xenohaliotis)
ホロスポラ科 (Hololosporaceae)
ホロスポラ (Holospora)
(Caedibacter)
(Lyticum)
(Polynucleobacter)
(Pseudocaedibacter)
(Symbiotes)
(Tectibacter)
SAR11クレード 従属栄養海洋細菌の優勢群
(Pelagibacter)
SAR11
MB11D08
MB21A02
SAR116クレード
NAC11-16
OCS24
SAR116
MB11B10
ロドスピリルム目 (Rhodospirillaceae)
ロドスピリルム科 (Rhodospirillaceae)
ロドスピリルム (Rhodospirillum)
(Azospirillum)
(Magnetospirillum)
(Phaeospirillum)
(Rhodocista)
(Skermanella)
(Rhodospira)
(Rhodothalassium)
(Rhodovibrio)
(Roseospira)
アセトバクター科 (Acetobacteraceae)
アセトバクター (Acetobacter)
(Acidiphilium) 亜鉛を中心金属とするバクテリオクロロフィル
(Acidisphaera)
(Acidocella)
(Acidomonas)
(Asaia)
(Craurococcus)
(Gluconacetobacter)
(Gluconobacter)
(Paracraurococcus)
(Rhodopila)
(Roseococcus)
(Stella)
(Zavarzinia)
スフィンゴモナス目 (Sphingomonadales)
スフィンゴモナス科 (Sphingomonaceae)
スフィンゴモナス (Sphingomonas)
(Erythtobacter)
カウロバクター目 (Caulobacterales)
カウロバクター科 (Caulobacteraceae)
カウロバクター (Caulobacter)
(Asticcacaulis)
(Brevundimonas)
(Phenylobacterium)
リゾビウム目 (Rhizobiales)
リゾビウム科 (Rhizobiaceae)
リゾビウム (Rhizobium)
(Bartonellaceae)
(Brucellaceae)
(Phyllobacteriaceae)
(Methylocystaceae)
(Beijerinckiaceae)
(Bradyrhizobiaceae)
(Hyphomicrobiaceae)
(Methylobacteriaceae)
(Rhodobiaceae)
ロドバクター目 (Rhodobacterales)
ロドバクター科 (Rhodobacteraceae)
(Hyphomonas)
ロドバクター (Rhodobacter)
(Paracoccus)
ロゼオバクター類 (Roseobacter clade) 従属栄養海洋細菌の優勢群
(Roseivivax)
(Ruegeria)
(Roseovarius)
(Leisingera)
(Antarctobacter)
(Sulfitobacter)
ロゼオバクター (Roseobacter)
(Jannaschia)
(Ruegeria)
(Octadecabacter)
RCAクラスター 極域海洋に分布
****
βプロテオバクテリア綱 (Betaproteobacteria)
(Burkholderiales)
(Hydrogenophilales)
(Methylophilales)
(Neisseriales)
(Nitrosomonadales)
(Rhodocyclales)
γプロテオバクテリア綱 (Gammaproteobacteria)
クロマティウム目 (Chromatiales)
クロマティウム科 (Chromatiaceae)
クロマティウム (Chromatium)
(Ectothiorhodospiraceae)
(Acidithiobacillales)
(Acidithiobacillaceae)
(Thermithiobacillaceae)
(Xanthomonadales)
(Xanthomonadaceae)
(Cardiobacteriales)
(Cardiobacteriaceae)
(Thiotrichales)
(Thiotrichaceae)
(Piscirickettsiaceae)
(Francisellaceae)
(Legionellales)
(Legionellaceae)
(Legionella)
(Coxiellaceae)
(Coxiella)
(Rickettsiella)
(Methylococcales)
(Methylococcaceae)
(Oceanospirillales)
(Oceanospirillaceae)
(Halomonadaceae)
プセウドモナス目 (Pseudomonadales)
(Pseudomonadaceae)
プセウドモナス（シュードモナス）(Pseudomonas)
未完
(Moraxellaceae)
(Moraxella)
(Acinetobacter)
(Psychrobacter)
(Alteromonadales)
(Alteromonadaceae)
(Vibrionales)
(Vibrionaceae)
(Aeromonadales)
(Aeromonadaceae)
(Succinivibrionacea)
腸内細菌目 (Enterobacteriales)
エンテロバクター科 (Enterobacteriaceae)
エンテロバクター (Enterobacter)
(Alterococcus)
(Arsenophonus)
(Brenneria)
(Buchnera)
(Budvicia)
(Buttiauxella)
(Calymmatobacterium)
(Cedecea)
(Citrobacter)
(Edwardsiella)
(Erwtinia)
エスケリキア (Escherichia) 大腸菌
(Ewingella)
(Hafnia)
(Klebsiella)
(Kluyvera)
(Leclercia)
(Leminorella)
(Moellerella)
(Morganella)
(Obesumbacterium)
(Pantoea)
(Pectobacterium)
(Photorhabdus)
(Plesiomonas)
(Pragia)
(Proteus)
(Providencia)
(Rahnella)
(Saccharobacter)
サルモネラ (Salmonella) コレラ菌
セラティア (Serrartia)
(Shigella) 志賀赤痢菌
(Sodalis)
(Tatumella)
(Trabulsiella)
(Wigglesworthia)
(Xentyrhabdus)
(Yersinia) ペスト菌
(Yokenella)
(Pasteurellales)
(Pasteurellaceae)
(Pasteurella)
(Actinobacillus)
(Haemophilus)
(Lonepinella)
(Mannheimia)
(Phocoenobacter)